康复医学科成立于2005年，集医疗、教学、科研为一体，是国家中医药管理局“十二五”重点专科、福建中医药大学针灸推拿专业和医学技术专业（康复物理治疗）硕士研究生培养点、福州市残联儿童定点康复医疗机构，是第二批国家中医临床研究基地（中风病）的主要承担科室。科室入选2018年艾力彼中国中医医院最佳研究型专科。

科室现有医护人员60名，其中高级职称人员11名，5名医师、治疗师分别获美国杜肯大学、南阿拉巴马大学康复专业硕士学位，另有5名康复医师与治疗师完成美国南加州大学开展的骨科与运动科学康复3年培训项目（3人获得骨关节康复助教资格，2人获得盆底康复助教资格）。科室将传统康复与现代康复技术紧密结合起来，积极发挥中医药特色优势，设神经康复、骨科康复、心肺康复、儿童康复、盆底康复等5个治疗组以及中医康复护理单元，开展功能评估、针灸、推拿、中药内服与外敷、物理治疗、作业治疗、言语治疗、吞咽治疗、康复辅具等项目，并开设福建省首个颞下颌关节疾病的专病康复门诊。科室先后承担科研课题20余项，其中国家级2项；同时负责福建中医药大学、福建卫生职业技术学院、福建生物工程职业技术学院学生的教学及全省中医住院医师、全科医师规范化培训工作，综合实力较强，技术水平在省内处于领先地位。